明确的系统发育关系 (phylogeny) 是分类学、进化事件的推断及时间校正、相关性状的祖先状态构建等的重要基础和前提。在明确了不同支系的系统发育关系的前提下，通过分析比较性状在不同类群中的演化历史，可以了解物种经受了哪些选择压力，不同性状是否倾向于共同演化或只是对相同选择压力的适应。自高通量短序列测序技术出现以后，通过广泛采样及使用大规模数据集来研究不同类群的系统发育关系的方法已经成为共识。但由于大规模全基因组测序成本高、分析难度大，简化基因组测序仍具有广泛应用前景。其中，利用转录组测序方法来获得大量适用于系统发育分析的直系同源基因具有可观的成本优势和较高的可行性。本文简要概括了基于转录组方法进行系统发育研究的主要步骤，包括样本制备、转录组测序与组装、直系同源基因筛选与评估和系统发育分析等，希望能为相关学者提供一定的参考。